ביקורת פנימית נתפסת בטעות על ידי מבוקרים רבים כאמצעי ניגוח ו/או כלי בידי ההנהלה לחפש אצלם ליקויים ואי סדרים.

כבר בשלבים הראשונים של כל תהליך ביקורת, חשוב להבהיר למבוקר שתהליך הביקורת, בו הוא צפוי לקחת חלק, הוא תהליך שבראש ובראשונה מיועד לסייע לו בשיפור והתייעלות של תהליכי העבודה והשליטה והבקרה על המחלקה/ארגון שהוא מנהל.

ביקורת פנימית היא כלי ניהולי מקצועי אשר, בידיו של מבקר פנים בעל ניסיון ומומחיות, משיא ערך מוסף גבוה לכל ארגון ומסייע לו לשמור על נכסיו המוחשיים והבלתי מוחשיים מחד ולהשיג את היעדים שהוצבו על ידי המנכ"ל והדירקטוריון.

תהליך ביקורת מסתיים בתוצר שהינו דו"ח ביקורת הכולל ממצאים והמלצות לתיקון ושיפור תהליכי העבודה והבקרה. ההמלצות הן המלצות ברות ביצוע וניתנות ליישום במסגרת המשאבים והאמצעים העומדים לרשות היחידה המבוקרת תוך התחשבות בכוח האדם הקיים והמיומנויות שלו, המשאבים העומדים לרשות היחידה הארגונית, מהן מערכות המידע התומכות תהליך והשפעת יישום השינוי על העבודה השוטפת.

מבוקרים והנהלות של יחידות מבוקרות מוצאות לעיתים בהליך הביקורת הזדמנות לחולל שינוי ארגוני ורותמות לצורך כך את הניסיון המקצועי של המבקר והיכולת שלו לתת ערך מוסף המתבסס על Benchmark ו – Best practice מקובלים בענף ו/או בתחום הפעילות שהיחידה המבוקרת פועלת בו.